Kurulun uyuşmazlık çözme yetkisi ise iki durumda tanınmıştır. Bunlardan ilki, borsa uyuşmazlıklarının çözümüne ilişkindir. Buna göre, borsalarda, borsa üyeleri ile müşterileri arasında borsa işleminden kaynaklanan uyuşmazlıklar kural olarak Borsada çözümlenebilmektedir. Tarafların bu karara karşı belirli bir tutarın (100 bin TL’nin) üzerinde olması halinde Kurula itiraz hakkı bulunmaktadır. Kurulun bu husustaki kararı ise nihai olup, buna karşı ancak idari yargı yoluna gidilebilir.
 
İkincisi ise, sermaye piyasasında faaliyet gösteren meslek kuruluşlarının üyeleri ile ilgili aldığı kararlara karşı Kurula karşı itiraz edilebilmesi ve bu uyuşmazlığın Kurul tarafından nihai olarak çözümlenmesidir. Bu madde özellikle meslek kuruluşu tarafından üyelerine verilen disiplin cezalarına karşı yapılan itiraz başvurularında uygulama alanı bulur.